W 1993 roku na okładce magazynu Wired pojawiło się trzech zamaskowanych mężczyzn. Eric Hughes, matematyk z Uniwersytetu Kalifornijskiego w Berkeley, Timothy May, były starszy naukowiec w firmie Intel i John Gilmore, informatyk i współzałożyciel Electronic Frontier Foundation, byli znani jako cypherpunkowie. Artykuł Stevena Levy'ego zatytułowany „Crypto Rebels” w magazynie był pierwszą wzmianką o tych osobach w mediach.

Pod koniec 1992 roku ci trzej mężczyźni zaprosili 20 swoich przyjaciół na nieformalne spotkanie, aby omówić ważne kwestie z zakresu programowania i kryptografii. Spotkania te odbywały się co miesiąc i odbywały się w firmie Cygnus Solutions należącej do Johna Gilmore’a. Na jednym z pierwszych spotkań grupa nosiła nazwę „cypherpunks”, co było grą słów pomiędzy „szyfrem” a „cyberpunkiem”.

Grupa rosła i zdecydowano stworzyć listę mailingową, aby przyciągnąć innych cypherpunków spoza San Francisco. Lista mailingowa stała się popularna i obejmowała setki subskrybentów wymieniających się pomysłami i omawiających rozwój przy użyciu nowych metod szyfrowania, takich jak PGP. Dzięki temu idee rozprzestrzeniły się na cały świat.

W grupie omawiano szeroki zakres tematów, w tym matematykę, kryptografię, informatykę, politykę i filozofię. Choć grupa nie zawsze była jednomyślna, było to forum otwarte, na którym ceniono prywatność i wolność osobistą.

Główne idee cypherpunków zostały zarysowane w „Manifeście Cypherpunk”, napisanym przez Erica Hughesa w 1993 roku. Jedną z kluczowych zasad manifestu było znaczenie poufności. W manifeście znalazły się także pomysły, które później zostały wdrożone w kryptowalutach.

W kolejnych latach podejmowano kilka prób stworzenia anonimowych systemów transakcyjnych. W 1997 roku dr Adam Back stworzył system Hashcash, który chronił przed spamem i wymagał mocy obliczeniowej do wysyłania wiadomości e-mail. W 1998 roku Wei Dai opublikował B-Money, oferując metody przechowywania danych transakcyjnych. W 2004 roku Hal Finney stworzył dowody pracy wielokrotnego użytku, a w 2005 roku Nick Szabo wprowadził projekt Bitgold.

Prawdziwy przełom nastąpił jednak w październiku 2008 roku, kiedy Satoshi Nakamoto wysłał swój artykuł na listę mailingową cypherpunk. W tym artykule przyjrzał się problemom, z którymi borykali się wcześniej deweloperzy, i zaproponował rozwiązania, w tym podwójne wydatki. W styczniu 2009 roku Nakamoto wydobył blok genesis Bitcoina, co zapoczątkowało erę kryptowalut.