En 1993, trois hommes masqués font la couverture du magazine Wired. Eric Hughes, mathématicien à l'Université de Californie à Berkeley, Timothy May, ancien scientifique principal chez Intel, et John Gilmore, informaticien et co-fondateur de l'Electronic Frontier Foundation, étaient connus sous le nom de cypherpunks. L'article de Steven Levy intitulé "Crypto Rebels" dans le magazine a été la première mention de ces personnes dans les médias.
Fin 1992, ces trois hommes ont invité 20 de leurs amis à une réunion informelle pour discuter de questions importantes en matière de programmation et de cryptographie. Ces réunions sont devenues mensuelles et ont eu lieu chez Cygnus Solutions de John Gilmore. Lors de l'une des premières réunions, le groupe s'appelait « cypherpunks », ce qui était un jeu de mots entre « chiffre » et « cyberpunk ».
Le groupe s'agrandit et il fut décidé de créer une liste de diffusion pour attirer d'autres cypherpunks en dehors de San Francisco. La liste de diffusion est devenue populaire et comprenait des centaines d'abonnés échangeant des idées et discutant des développements utilisant de nouvelles méthodes de cryptage telles que PGP. Cela a permis aux idées de se répandre à travers le monde.
Le groupe a discuté d'un large éventail de sujets, notamment les mathématiques, la cryptographie, l'informatique, la politique et la philosophie. Même si le groupe n'a pas toujours été unanime, il s'agissait d'un forum ouvert où la vie privée et la liberté personnelle étaient valorisées.
Les idées principales des cypherpunks ont été exposées dans le « Cypherpunk Manifesto », écrit par Eric Hughes en 1993. L'un des principes clés du manifeste était l'importance de la confidentialité. Le manifeste contenait également des idées qui ont ensuite été mises en œuvre dans les crypto-monnaies.
Au cours des années suivantes, plusieurs tentatives ont été faites pour créer des systèmes de transactions anonymes. En 1997, le Dr Adam Back a créé le système Hashcash, qui protégeait contre le spam et nécessitait une puissance de calcul pour envoyer des e-mails. En 1998, Wei Dai a publié B-Money, proposant des méthodes de stockage des données de transaction. En 2004, Hal Finney a créé des preuves de travail réutilisables et en 2005, Nick Szabo a présenté le projet Bitgold.
Cependant, la véritable avancée a eu lieu en octobre 2008, lorsque Satoshi Nakamoto a envoyé son article à la liste de diffusion cypherpunk. Dans cet article, il a examiné les problèmes rencontrés précédemment par les développeurs et proposé des solutions, notamment la double dépense. En janvier 2009, Nakamoto a extrait le bloc de genèse du Bitcoin, ce qui a marqué le début de l’ère des crypto-monnaies.