1993 erschienen drei maskierte Männer auf dem Cover des Wired-Magazins. Eric Hughes, ein Mathematiker an der University of California in Berkeley, Timothy May, ein ehemaliger leitender Wissenschaftler bei Intel, und John Gilmore, ein Informatiker und Mitbegründer der Electronic Frontier Foundation, wurden als Cypherpunks bezeichnet. Steven Levys Artikel mit dem Titel „Crypto Rebels“ in der Zeitschrift war die erste Erwähnung dieser Personen in den Medien.

Ende 1992 luden diese drei Männer 20 ihrer Freunde zu einem informellen Treffen ein, um wichtige Fragen der Programmierung und Kryptographie zu besprechen. Diese Treffen wurden monatlich und fanden bei John Gilmores Cygnus Solutions statt. Bei einem der ersten Treffen wurde die Gruppe „Cypherpunks“ genannt, was ein Wortspiel zwischen „Cipher“ und „Cyberpunk“ war.

Die Gruppe wuchs und es wurde beschlossen, eine Mailingliste zu erstellen, um andere Cypherpunks außerhalb von San Francisco anzulocken. Die Mailingliste erfreute sich großer Beliebtheit und umfasste Hunderte von Abonnenten, die Ideen austauschten und Entwicklungen bei der Verwendung neuer Verschlüsselungsmethoden wie PGP diskutierten. Dadurch konnten sich Ideen auf der ganzen Welt verbreiten.

Die Gruppe diskutierte ein breites Themenspektrum, darunter Mathematik, Kryptographie, Informatik, Politik und Philosophie. Obwohl sich die Gruppe nicht immer einig war, handelte es sich um ein offenes Forum, in dem Privatsphäre und persönliche Freiheit geschätzt wurden.

Die Hauptideen von Cypherpunks wurden im „Cypherpunk Manifesto“ dargelegt, das 1993 von Eric Hughes verfasst wurde. Einer der wichtigsten Grundsätze des Manifests war die Bedeutung der Vertraulichkeit. Das Manifest enthielt auch Ideen, die später in Kryptowährungen umgesetzt wurden.

In den folgenden Jahren wurden mehrere Versuche unternommen, anonyme Transaktionssysteme zu schaffen. Im Jahr 1997 entwickelte Dr. Adam Back das Hashcash-System, das vor Spam schützte und für den E-Mail-Versand Rechenleistung benötigte. Im Jahr 1998 veröffentlichte Wei Dai B-Money und bot Methoden zur Speicherung von Transaktionsdaten. Im Jahr 2004 erstellte Hal Finney wiederverwendbare Arbeitsnachweise und im Jahr 2005 stellte Nick Szabo das Bitgold-Projekt vor.

Der eigentliche Durchbruch gelang jedoch im Oktober 2008, als Satoshi Nakamoto seinen Artikel an die Cypherpunk-Mailingliste schickte. In diesem Artikel befasste er sich mit Problemen, auf die Entwickler zuvor gestoßen waren, und schlug Lösungen vor, einschließlich doppelter Ausgaben. Im Januar 2009 schürfte Nakamoto den Genesis-Block von Bitcoin und markierte damit den Beginn der Ära der Kryptowährungen.